Деревянную кирху Йонейкишкене возвели примерно в 1670 году. В таком виде она простояла 57 лет, пока в здание не ударила молния. Церковь сгорела и была восстановлена в камне спустя 13 лет, на ней появилось три колокола. Поддержал строительство король Фридрих Великий. В 1757 году в кирхе установили орган работы немецкого мастера Адама Каспарини.
После Великой Отечественной войны здание использовалось в качестве склада. В 1995 кирху настиг второй пожар. С тех пор церковь, признанная объектом культурного наследия местного значения, заброшена. Увидеть руины можно в посёлке Тимирязево Славского района.