По данным Калининградстата, в регионе снижается заболеваемость туберкулёзом (на 16%), сифилисом (на 38%), гонореей (на 39%), острым вирусным гепатитом В (на 47,0%), энтеровирусной инфекцией (на 78%), острым вирусным гепатитом С (на 38,0%), ветряной оспой (в 2,35 раза) и скарлатиной (в 2,3 раза). Вместе с этим отмечается рост числа новых случаев заражения ВИЧ-инфекцией. К октябрю 2015 года выявлено 382 случая и показатель заболеваемости вырос на 20,8% по сравнению с аналогичным периодом 2014 года. В 80% случаев заражение ВИЧ-инфекцией произошло половым путём, а наибольшее число инфицированных выявлено в возрастной группе 29-49 лет.
Число зарегистрированных врачами кишечных инфекций в Калининграде незначительно увеличилось и составляет 4394 случая. Преобладают вирусные кишечные инфекции — в основном за счёт увеличения на 43% заболевших ротавирусным гастроэнтеритом.